Восстановленный 1 июля 2015 г. Департамент по делам национальных меньшинств при Правительстве Литовской Республики имеет глубокие корни.
После восстановления независимости Литвы, национальные общины стали объединяться в неправительственные организации. В то же время — в 1989 г., было создано и первое учреждение, координирующее вопросы национальных меньшинств — Департамент по делам национальностей, директором которого была назначена Галина Кобецкайте. Позже Департамент по делам национальностей стал Департаментом региональных проблем и, по большей части, занимался вопросами национальных меньшинств, литовцев, проживающих на территории бывшего Советского Союза и национальными проблемами Юго-Восточной Литвы.
По мере увеличения темпов эмиграции, всё больше литовских общин стало создаваться в странах Западной Европы. Стремясь сохранить связь литовцев зарубежья с Родиной и гарантировать соответствующую защиту их интересов, в 1997 г. департамент был реорганизован в Департамент по делам эмигрантов и национальных меньшинств. Кроме всего прочего, ему была вверены функции сотрудничества с литовцами зарубежья.
После упразднения департамента в 2010 году, его функции были разделены и переданы министерствам иностранных дел, культуры, науки и просвещения.
Представители национальных общин не раз отмечали уменьшение уделяемого их вопросам внимания и выражали надежду, что Правительство возьмётся за восстановление ведомства, реализующего общую политику государства в сфере национальных меньшинств.
На основании указа №1300 Правительства Литовской Республики от 24 ноября 2014 года, 1 июля 2015 года начал свою деятельность восстановленный Департамент по делам национальных меньшинств при Правительстве Литовской Республики, который стал учреждением, ответственным за реализацию политики в области национальных меньшинств.